Третья часть популярного шутера от первого лица стала полноценным продолжением истории борьбы свободолюбивого народа с инопланетными пришельцами. Ненавистная всем организация под названием Альянс, захватила власть в городе, и пресекает всяческие попытки волеизъявления граждан.
Действия здесь будут развиваться на северном континенте, где главному герою вместе со своей верной помощницей необходимо обнаружить секретную лабораторию. По предварительным данным, она находится на борту научно-исследовательского судна. Агрессивно настроенная инопланетная цивилизация стремиться добраться до уникальных технологических разработок, и завладеть ими. Имея доступ к этому уникальному ресурсу, они смогли бы подчинить своей воле всю вселенную.
Нельзя ни в коем случае допустить развития такого печального сюжета, необходимо разрушить коварные планы захватчиков. После удачного запуска ракетной установки, закрылся портал над городом Сити 17. Теперь Гордон Фримен отправляется в северную часть континента с целью найти пропавший корабль. Однако не всё получается так гладко, на его пути становятся два сотрудника Альянса.