События второй части популярного приключения происходят через двадцать лет после катастрофы, произошедшей в стенах научно-исследовательского комплекса. Гордона Фримена, находящегося в состоянии летаргического сна, пробуждает загадочный персонаж.
Он, не дожидаясь согласия главного героя, усаживает его в поезд, направляющийся в город Сити 17. Когда они прибывают на место назначения, то выясняется, что мегаполис находится под управлением тоталитарного режима. Во главе этой структуры стоит бывший администратор исследовательского центра по имени Уоллес Брин, который, в свою очередь, подчиняется главарям могущественного синдиката.
В результате сокрушительных портальных взрывов, войска Совета Альянса получили огромное преимущество перед армией планеты. Они воспользовались превосходством силы, и совершили вероломное нападение на Землю. Теперь все кварталы находятся под полным контролем местной полиции, пресекающей всякие попытки свободного волеизъявления. Особенно опасными являются синтетические роботы, обладающие способностью держать население в постоянном страхе.