Извечные враги отважной четвёрки Черепашек Ниндзя, строят коварные планы по разрушению планеты, и уничтожению большого количества населения. Крэнг и Шредер уже собрали многочисленную армию, и создали сильные преграды на пути смельчаков.
Вам предстоит преодолеть семь уровней, которые состоят из семидесяти миссий. Здесь вам необходимо выбрать команду, состоящую из пяти персонажей. Для того, чтобы противостоять противнику, вам нужно разработать стратегию. Даже в случае неудачи, вы сможете атаковать клан Фу, и его боссов. Каждая победа даст вам доступ к особенным героям.