Человек паук вновь вступает в противостояние с силами зла, которые уже подчинили своей власти большую часть города. Для того, чтобы эффективно сражаться с врагами необходимо будет быстро передвигаться по туннелям метрополитена.
В данный момент бандиты заблокировали жителей в производственном здании, и намереваются заложить взрывчатку. Преступник по имени Флинт проникает в секретную лабораторию, и превращается в Песочного человека. В это время с небес происходит падение метеорита, содержащего в себе симбиоты. Близкий друг Спайдермена перевоплощается в зловещего Зелёного Гоблина.